被朱由检派去出使西洋的孙元化，是在九月出发的。
自从六月被确定为出访使臣后，孙元化积极准备，把皇帝交给自己的任务，仔细记了下来。
并且和龙华民等传教士交流，按他们的指点，从海军中选择了六艘能用于远洋航行的船只，让天津的造船工匠改造，达到出使要求。
对于这点，很多官员提出异议。他们认为要么不出使，要么就应该建造巨大的封舟，以显大明天威。就像是册封琉球国王一样，花几年时间造封舟。
这种智障言论，朱由检理也不理。还把原打算流放海外的阮大铖放出来，作为副使负责文化交流——
此人在戏剧上颇有天分，朱由检想搜集一下泰西的乐器和戏剧。所以就把他废物利用，丢进出使团队。
还有一些阉党罪臣，同样如此处置。刘应坤、葛九思等依附魏忠贤的太监，因此得到启用，作为皇帝的私人使者，出使罗马教廷。
在培训和准备了几个月，等徐光启把利玛窦翻译的四书修改印刷之后。孙元化、阮大铖等人，带着书籍、丝绸、瓷器等礼物和商品，浩浩荡荡南下。
抵达福建的时候，他们在月港休整了一下。并且等待另一位副使许显纯，加入出使团队。
许显纯好不容易适应了东宁的生活，是不愿意出使西洋的。因为他知道海上的危险，东宁开发过程中就有不少人死去。
但是在得知皇帝让他以皇亲国戚和伯爵的名义出使后，他很快就答应了。因为以他对当今皇帝的了解，有了这个名义后，自己将来只要立下功劳，就有很大的可能获得伯爵爵位。
所以他离开了刚刚适应的东宁，加入出使团队，担任使团武官，并且兼任副使。
他的职责，主要是利用勋戚的身份，和西洋的贵族交流。避免派出的都是文官，和贵族交流不起来。
同时，许显纯还以锦衣卫指挥同知的身份，掌管使团武力。并且和刘应坤、葛九思等太监，搜集泰西情报。
几个阉党罪臣，在出使船队中相遇后，都是相顾欷歔。
他们谁也没有想到，会在这个地方再见。
询问各人情况，得知霍维华、田尔耕等人打算去辽东作战，用功劳洗刷罪名后，曾任督师辽东太监的刘应坤道：
“我在辽东还有一些关系，虽然他们
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