部尚书主持，侍郎宣布议事内容，听与议者发言。议事完毕后，由侍郎拟稿，经誊清后，与议者署名，然后上奏皇帝。
皇帝通常不会否决廷议结果，即使对结果不满意，通常也只是留中不发，不会轻易否决。
对于这个传统，朱由检很是尊重，觉得集议暗含民主集中制的内核，可以成为自己的改制方向。如果以后在地方推行这种制度，自己就不用担心某个人在地方一手遮天、做官时独断专行。
确定把林丹汗封贡的事情交给大臣廷议，朱由检在廷议人员上稍微改动一下。除了仍旧不允许内阁大学士参加外，其他加衔四辅大臣的臣子，都被朱由检要求参加廷议。他要把加衔和集议结合起来，一点点改变传统。
廷议的人员并不怎么固定，再加上除了科道和勋贵之外，有资格参加廷议的官员大多都有四辅大臣加衔，这点上并没有引起什么波澜。只是四辅大臣加衔不可避免地更加受到重视，让许多朝堂官员想获得这个加衔。
林丹汗封贡这件事作为兵部事务，廷议的主持者应该是兵部尚书崔呈秀。但是崔呈秀如今正在请求守制，还被很多官员参劾，根本不能参加廷议。两位兵部侍郎的名望不够，不足以主持这样的会议。
再加上六部尚书中地位最高的吏部尚书周应秋同样被人参劾，户部尚书郭允厚有可能因为财政紧张反对这件事。朱由检最终在杨景辰的推荐下，以老成持重为由，选择了左都御史、年龄最大的议政大臣房壮丽主持廷议。
和大明的很多文官一样，房壮丽对中原之外的事情并不怎么感兴趣。但是皇帝坚持这件事情，再加上京城确实有可能受到后金威胁，他在杨景辰的劝说下，也就同意了这件事。
有了这个支持者主持廷议，还有朱由检这个皇帝和魏忠贤这个厂臣力推，再加上林丹汗封贡的事情有俺答汗封贡的前例，反对的人就不多了。很多人都觉得朝廷每年花几万两银子收买林丹汗部，是一件不错的事情。
除了户部尚书郭允厚以财政紧张不愿承担爵禄、英国公成国公定国公等勋贵不愿出现顺天贵族之外，其他人就是对林丹汗封贡的事情有些非议，也没有站出来公然反对。
最终，因为明确反对的没有几人、赞同林丹汗封贡
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