分设太守之职，渡海收取东莱各县，设营州刺史；自封为辽东侯、平州牧，追封其父公孙延为建义侯。为汉朝的两位祖先立庙宇，按照古制在襄平城南设坛，在郊外祭祀天地，亲耕藉田，治理军队，出行时坐着皇帝才能坐的銮驾，帽子上悬垂着九条玉串，以头戴旄帽的骑兵为羽林军。曹操征召公孙度做武威将军，封永宁乡侯，公孙度说：“我在辽东称王，要永宁干什么啊！”将印绶藏于武器库中。
建安九年（204年），公孙度去世，其子公孙康继承其位，将永宁乡侯封给了弟弟公孙恭。
汉末天下大乱，名士管宁听说辽东太守公孙度在海外推行政令，就与邴原及平原人王烈等到辽东。公孙度空出馆舍等候他们。管宁拜见公孙度，只谈儒家经典而不语世事，之后，管宁随即就居住在山谷中。[16]名士邴原避居辽东，与同郡的刘政都具有勇略雄气。公孙度忌惮刘政，于是收捕刘政家人，刘政逃跑。公孙度发布公告给各县说：“敢藏匿刘政的与刘政同罪。”刘政走投无路，投靠邴原。邴原将刘政藏匿了一个多月，当时东莱人太史慈准备回家，邴原把刘政托付给他。然后去向公孙度说：“将军之前要杀刘政，是因为担心他会成为您的祸害，现在刘政已经逃跑了，您的祸害不就不存在了吗？”公孙度说：“你说的不错。”邴原又说：“您忌惮刘政，是因为他有智谋。现在刘政已经被免职了，他的智谋无用武之地，您何必再拘捕他呢？不如赦免他吧，以此来平息众怒。”公孙度听从了他的劝告，邴原这才出钱送刘政回到老家。[17]而邴原本人也受到了公孙度的厚待，但是在中原安宁，邴原想回中原之时却也遭到了公孙度的禁足。[18]名士王烈避乱辽东，公孙度以兄弟之礼相待，向他咨询政事，后来更想让他担任长史，而王烈以自己是个商人为由拒绝了任命。