西历2199年。
变成赤红大地的地球，已然来到了毁灭边缘。
距离当今时间八年前，人类历史上第一次与地外文明接触。
在人类抱有希望和平交往的希望面前，名为伽米拉斯的地外文明单方面悍然开启战端，毫不留情地对人类，对地球展开了持续的无差别攻击。
在一轮轮的无差别攻击之下，原本蔚蓝美丽的地球在伽米拉斯所使用的长距离流星炸弹的破坏之下，地表生态环境被完全摧毁，河流，海洋被蒸发，成为一片死寂的赤红之地，丰饶的大地成为一片火海，人类以及众多动植物赖以生存的大气被污染。
人类已然无法继续在地表上生存，只能蜷缩在地下都市当中苟延残喘。
而如今，距离人类灭亡，还有短短的一年时间。
在这绝望的危机中，一艘为人类带来希望，将人类从灭亡中拯救出来的，代号为天照的宇宙飞船跨越星空，即将抵达太阳系，为了迎接这载着希望的宇宙飞船，人类集结兵力于2199年1月发动了冥王作战，为这艘“天照”宇宙飞船提供掩护。
然而，在“天照”刚进入火星大气之时，其引擎突然发生爆炸，最后凌空爆炸。
负责接应这艘“天照”宇宙飞船的两名联合国士兵古代进以及岛大介来不及为之惊讶，便连忙驾驶战机朝着宇宙飞船爆炸之前所弹射的逃生舱所降落的方向追了过去。
滚滚浓烟之下，在那残破的残骸不远处，一个在支撑架的作用下，保持着斜立的逃生舱静静地赤红的丘陵之上。
可惜的是，在两人靠近这个逃生舱，并且对逃生舱进行检查时，才发现身处逃生舱当中，为人类带来希望的使者，名为莎夏·伊斯坎达尔的异星使者失去了一切生命反应，当场宣布死亡。
只剩余，被其紧紧地抱在怀中的希望——名为波动核心的“希望”还在持续运作当中。
两人没想到自己所迎接的使者竟然会在与他们汇合前，便已经死去。
如此变化，让心中升起的那么一丝喜悦随即烟消云散。
古代进面露悲伤，一时之间失去了反应。
而在其身边的岛大介伸手将那还处于运作当中的“希望”拿在了手中。
“这便是我们这一次任务的目标了吗？”
古代进看向岛大介手中的“希
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