耶路撒冷陷落，医院骑士团被迫撤离，成员分散到了欧洲和中东，甚至还有非洲。
随后他们在塞浦路斯找到了立足点，然后又转移到了罗德岛。
为了抵抗奥斯曼人入侵，医院骑士团将整座岛屿当成堡垒，但历经两百年的坚守，他们还是被苏莱曼的大军赶出了家园不得不再次开始流浪。
在流浪了八年之后，神圣罗马帝国皇帝查理五世决定将马耳他岛赠予医院骑士团，代价是每年需要向哈布斯堡家族上缴一只猎鹰。
而真正让马耳他骑士团扬名的是那场1565年的马耳他大围攻，雄心勃勃的苏莱曼大帝准备以马耳他为跳板进攻欧洲。
骄傲的穆斯塔法帕夏率领着四万精锐，他根本就没把眼前这五百名骑士当成一回事，甚至连象征性劝降都懒得做就直接杀了上去。
穆斯塔法帕夏算得上是苏莱曼手下的杀神白起，每战必胜，每次胜利必屠城，以爱剥人皮让敌人闻风丧胆。
无论对方是主动投降，还是战败，他都会选择永绝后患，凡是抵抗者能被卖做奴隶都要感谢上帝，他的铁蹄踏遍欧亚非三个大陆，却在马耳他崴了脚。
穆斯塔法帕夏手下的四万精锐与马耳他的五百骑士、数千民兵、以及先后到来的雇佣兵、志愿者组成的联军鏖战了四个月，最终在哈布斯堡军队到来之前选择了撤退。
在穆斯塔法帕夏不得不选择撤退的时候，他手下的兵力已经不足一万，他的两个女婿和四个儿子全部战死。
甚至以残暴著称的苏莱曼大帝都罕见地对他网开一面，非但没有任何实际性的惩罚，甚至连象征性的官职都没有剥夺。
守军方面仅剩不到六百人存活，六支参与守城的雇佣兵团仅有五人存活。
不过之后的几百年里马耳他骑士团不断堕落血性不再，最终在1798年遭到拿破仑的善意入侵。
马耳他骑士团仅仅做出了象征性的抵抗便在48小时内选择了投降，最终成为了拿破仑辉煌战绩中的一页。
（还有一种说法是六天，不过都没什么差别，其中法军伤亡三人，骑士团无人阵亡，伤者不详。）
拿破仑在日记中写道。
“骑士团的信条是不能向基督徒开火？那正好，我们能。”
有些书中评价拿破仑认为马耳他骑士团是一块
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