朝廷可以做几项对策，一是划定专属航道与禁留区。
全线划分主行船道，船只必须沿固定路线行驶，严禁靠近城墙、哨楼、烽墩沿岸停泊、靠岸；
城墙外侧预留五丈空地作为巡防通道，常年畅通。
外护城河的宽度基本在三十米左右，部分达到了四五十米，如此算下来一半的通航足够了。
二是增设水上巡检体系，在河道衔接闸口、弯道、码头三处关键节点，增设巡河哨船，每段水域派驻固定兵卒，日夜分班巡逻；
船只实行船牌制度，登记船主、船员、货物、起止地，无牌一律扣查。
三是分时通航，错峰避让军机，严格执行日间通航、日落封河，夜间河道彻底清船；
遇军情、火警、皇家仪仗、官船通行，商船就地靠边停航避让，违者重罚。
四是在玉渊潭分区管控，湖面划分为泊船区、行洪区、警戒区，泊船区远离西山山口、军营要道，不遮挡陆路哨卡视野。
其次，工部和河道官员担心堤岸损毁、泄洪受阻、闸口拥堵等问题，
一是提前加固改造堤岸，优先对南、西护城河薄弱段、转弯处堤岸做砖石包砌、加高培厚；
靠近玉渊潭的支渠拓宽加深，提升通航与行洪能力，工程由工部专款、就近征调民夫分期完工，不仓促通航。
二是汛期临时管制，每年雨季、山洪高发期，暂停商船通行，清空河道保障泄洪；
平日根据水位调度闸坝，水库统一控水，维持水深稳定，避免浪涛冲击堤脚。
三是优化闸口通行规则，沿用现有三五艘编队依次过闸制度，设立候船区，杜绝抢闸、扎堆拥堵；安排闸口专人调度，官船、防汛船享有优先通行权。
四是定期养护专款专项，从新增商税中划出一部分，设立河道养护银，专门用于堤岸、闸坝修缮，不占用国库常规开支。
其三，御史、顺天府担心的是流民聚集、斗殴走私、垃圾污水污染水体、挤占陆路交通等民生问题。
一是定点装卸，禁止沿岸乱停乱堆，仅在玉渊潭及两处指定码头停靠卸货，全程不靠城根、不堵官道；
货物上岸后即刻转运，不得在岸边长时间堆放。
二是出台河道卫生禁令，明文禁止船只向河道倾倒垃圾、污水、废料，巡河兵与五城兵马司联
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