决定。
碇源堂心里不高兴，但也不敢违抗，因为杜兰给他的感觉太神秘了，太过无所不能。所以他最后只能说道：“你还说我唯心，我看你才是最唯心的那个，才是最不可理喻的那个。你比恶魔还要邪恶，还要捉弄人。”
“多谢夸奖。”杜兰说道：“不过不是我喜欢作弄人，而是你太不善于改变了。世界上不是所有事情都会按照你的计划运行的，不能说每次遇到不随自己心意改变的东西就是邪恶，就是捉弄。人生在世不如意事常八九，你还是经历了太少。这点你要好好向你儿子学习。”
要是没有杜兰，碇真嗣会先失去母亲，再失去好基友，再失去美少女，最后失去大姐姐，每次都是刚刚得到就立刻失去，而且刚刚想要打起精神做个救世主，就因为作战的不科学，以及使徒的神奇能力，被按在地上摩擦，总是经历险象环生。
碇真嗣各种闹别扭、闹情绪，都无法让事情朝着自己希望的方向发展，最后更是直接补完，只留下他一脸懵逼。打败使徒不是拯救人类么？怎么拯救了人类之后，就是对神经元的大清洗，怎么就是邪恶的补完仪式？他是一脸懵逼，根本不知道为什么会这样。
谷</span> 通过一次次碰壁，最后碇真嗣终于认识到了自己和客观世界碰撞的话，自己改变不了客观世界，还是妥协好了。
碇源堂却依靠阴谋诡计控制了神经元，而且一步步地夺取了人类补完计划的主导权。其实对于碇源堂到底是如何成为神经元司令的，并没有太多的介绍，很有可能是碇唯家族的势力帮忙，或者是碇唯自己建立的势力在帮忙。
剧情里只是介绍了碇源堂在大学时候和碇唯谈恋爱，然后加入seele，之后就是成为了司令。成为司令之后他又是通过美男计控制了赤木母女，之后又通过多面间谍加持良治得到了钥匙。然后通过对绫波丽的培养，试图建立补完的通道。最后就是利用儿子驾驶初号机，希望初号机能发挥全部实力消灭所有的使徒。这就是他的布局。
当然过程中司令还有破局，主要就是针对seele的监视，以及破坏seele主导融合的关键，也就是渚薰。渚薰也是使徒
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