该省的布按都司等衙署怎么安置就是一个很大的问题，如果安置在南京，那么南京六部对这些衙门有没有管理权，应该如何管理？
现在的南直隶巡抚就不驻南京，一般是在镇江和苏州有巡抚衙署，就是为了避免和南京六部产生冲突，与之相对应的就是北直隶，北直隶的布按灯衙门也不驻京师，在保定府，所以在没有解决这个问题之前，析分南直隶是很难的。
但是朱载坖要析分南直隶的决心已定，因为现在的南直隶实在是太过于大而繁杂了，苏松等地是大明的经济重心，两淮盐场是大明盐政的重心，还有运河等一系列事务，南直隶实在是事务太多，还有祖陵、孝陵、南京六部等事项，实在是事务繁忙，虽然朝廷设置了浙直总督，但是浙直总督的主要工作还是管理南直隶的事务，对于浙江是无暇管理的。
为了使得朝廷的总督区划更加合理，朱载坖命令张居正考虑析分南直隶，这样一来，原本的南直单独成为一个总督辖区，闽浙成为一个总督辖区，就更加合理了。