臣们商量此事，要选择一名熟悉西南情况，善于对付这些土司的大将镇守四川，顺宁侯俞大猷向朱载坖举荐了现任福建南路参将吴广，他是大明官军中少有的以武生从军，累著战功的高级将领，曾经追随俞大猷大破岑溪瑶，熟悉这些土司的战法，所以俞大猷举荐他担任四川镇总兵。
朱载坖于是下旨任命吴广为南京后军都督府都督佥事，镇守四川总兵官，同时任命戚继光的长子戚祚国为贵州副总兵署总兵事，负责贵州的防务。
对于杨应龙，俞大猷、戚继光等老将也认为他绝非善类，久之必反，经过他们的商量，决定先下旨给中南总督殷正茂，要他以总督的名义传檄征调杨应龙的部下到缅甸助战，若是他不来或者是以种种方式敷衍塞责，那就是说明杨应龙反心已定，朝廷必须早做准备，先发制人，若是他能够顺从朝廷的意思，那么还有寰转的余地。
朱载坖于是下旨给殷正茂，要求他试探杨应龙，同时也要在三省防务没有加强之前，看顾一下三省，防止被动。