对于东南的一系列改革安排下去之后，朱载坖考虑去北直隶、河南等地看看，毕竟大明这么大，朱载坖也想去看看，尤其是之前在北直隶推行大规模的水利兴建，到底的成效如何，北直隶的工农业情况现在到底是个什么样子，朱载坖准备实地去看看成果如何。
对于朱载坖的想法，首辅张居正倒是并没有表示反对，朝廷现在重点经略北直隶，朱载坖作为皇帝，亲自去查看一下，也不是不可以的，不过张居正建议朱载坖还是缓一缓再去，把朝廷先安定下来，同时将一应改革的措施落地之后再说。
而且现在中南总督殷正茂的一份奏疏也不得不引起朱载坖的重视，殷正茂说的西南的土司问题，之前四川的都掌蛮叛乱，虽然被谭纶给镇压了，但是西南地区的土司问题依旧是十分严峻的，殷正茂向朱载坖这次提出来的是贵州的杨应龙，殷正茂认为这孙子不是个好鸟，宜早除之，同时对于这些土司，大明也要采取更加严厉的方法驾驭管束。
殷正茂认为，这样杨应龙绝非安分之辈，生性猜疑、阴狠嗜杀，居所雕龙饰凤，又擅用阉宦，俨然是一个土皇帝。杨应龙为人狡诈多疑，好以诛杀立威，结怨甚深，所辖五司七姓不堪其虐，纷纷叛离。对于此人，殷正茂认为应当及早除之，以绝后患，同时对于这些土司，逐步予以清除，由朝廷改派流官对地方进行管理。
对于殷正茂的上疏，朱载坖没有第一时间作出回应，虽然他知道殷正茂的判断是正确的，这个杨应龙确实不是什么善类，但是朱载坖仍旧将殷正茂的奏疏先下阁部商议，殷正茂是张居正的同科和死党，张居正自然是支持殷正茂的判断的，不过张居正仍旧坚持不用兵的看法，张居正认为能够只诛首恶的话，是最好的。
兵部尚书汪道昆也支持殷正茂的看法，汪道昆在兵部的奏疏中认为由于之前朝廷对于缅甸的大举征伐，同时为了维持在缅甸的军事存在，朝廷从四川、云南、贵州等地大量抽调士卒前往缅甸，导致四川都司等地空虚，所以西南的很多土司蠢蠢欲动，杨氏历代统治播州，势力盘根错节，早有不臣之心，他认为四川官军弱不经战，非常轻视，久欲占据整个四川，独霸一方，殷正茂的上疏确实是非常
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