朱载坖当然很清楚，漕运干系甚大，不仅仅是他们口中的百万漕工衣食所系，还有这么多年以来漕运的积弊，朱载坖知道这其中的利害关系，正是因为知道这其中的厉害关系，朱载坖才要去大力整顿漕运，若是朱载坖加上张居正都不能够将漕运予以整顿的话，朱翊釴恐怕就更不行了，所以此事一定要在朱载坖的手上做成，这是朱载坖和张居正多次商量之后所达成的共识，必须眼里整顿漕运，将漕运的积弊予以消除。
而漕运中积弊最深的就是沿运河设置的这些水次仓，水次仓从北到南进行分布，主要有北直隶的天津仓，山东布政司的德州仓、临清仓，南直隶的徐州仓以及淮安仓。水次仓则是负责各地税粮的暂存及转运，水次仓所转运的粮食用于解运到京通仓，可谓是大明的国本，对于此事，不管是朱载坖还是张居正都是极为重视的。
所以在朱载坖、张居正的支持下，王国光亲赴各水次仓检查，其实朝廷这次对于水次仓的检查，目的是很明确的，就是打击私兑，私兑最严重的就是苏松等处，江南苏州、松江、嘉兴、湖州为漕赋重地，纳粮大户皆势力豪强，熟识大户为了逃避徭役而寻求其庇佑，投靠其门下，他们常常不将漕粮交到水次仓，而是要求运军到他们所设立的私仓去兑运粮食。
他们为什么要这么做？这些人将漕粮私贮家中，不纳官仓，逼迫卫所官军分散到各户收兑漕粮，卫所旗军收兑漕粮无异于挨家挨户沿门持钵，称苦不堪。因为这样做对他们来说有巨大的利益。
因为这样做，粮长大户可以私自收取轻赍银，经营花费，一直到五六月才匆忙买米，掺和沙水糠谷，不纳官仓，免于晒扬筛选查验漕粮，逼迫运军就船交兑，这样运军收到的漕粮质量腐烂，不符合朝廷“干洁圆新”等要求，便要由运军赔补漕粮，而他们则将百姓上交上来的好粮食予以倒卖，从中赚取差价。
之前潘季驯总督漕运的时候，就曾经上疏陈述过此事，潘季驯在奏疏中称：“粮长大户既不晒扬干洁，反又插和糠水，百计留难，官军畏惧，违限比较问罪，只得屈兑上船，沿途蒸折，临仓亏欠，负累包赔，不胜困极。”
这就导致在京通仓接收漕粮时，苏松等地的漕粮
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