士的逃亡和军余子弟的安置问题，对于军士的逃亡，朱载坖认为要增加军士的待遇，还有就是区分脱产的军士和屯田的军士，将脱产的军士和屯田军士分开，培养职业军队。
同时对于军余子弟，可以优先招募进入朝廷的各种工场中学习技术，将他们组织起来在边疆地区新设立卫所，加强朝廷对于这些地方的控制，朱载坖的意思是仿照东晋的侨州郡县制度，将一卫或者一个都司的军余子弟组织起来，到朝廷新收复的这些地方去屯垦戍边，不管开垦出多少土地，都属于士卒个人所有，朝廷提供耕牛、农具等物资，十年免征。
同时从这些军余子弟中招募士卒，在卫所兴办卫学，卫所子弟可以从卫学一路向国子武学考试，成为大明的军官，这样的话，能够尽可能的保留卫所的优点而避免卫所的缺陷，朱载坖要求各部院大臣们商量一下应该怎么处理，同时对于这些参与走私的官员、商人，照律以通虏的罪名严惩。
除此之外，朱载坖要下旨在张四维，要求他整顿宣大山西等处的军储，查看军储虚实。