向巡按御史举报之后仍旧不服的，才能够进行京控，但是一旦百姓进行京控，各地方官不允许截拿，一经发现，正印立即罢官削籍，永不叙用。
同时，规定京控的接受衙门仅为刑部、大理寺和都察院，到其他衙门京控的，一律不予受理，将人员和诉状送三法司受理，对于京控案件，三法司必须单独处理、单独汇报，不允许混杂在其他案件中想朦胧过关，每月要将各衙门受理的京控案件、处理情况等整理成册上奏内阁，由朱载坖亲自查阅。
而张居正还建议，将地方推官单独设立官署，用以审判案件，这个建议也得到了朱载坖的认同，命令各州县要为推官单独设立官署，不与州县衙门在一起，以便推官的审断不受正印官的影响。
除此之外，对于地方官制的改革主要在于行政区划的调整，朱载坖和内阁商量之后认为现在大明的行政区划都是太祖时制定的，一些州县人口滋生，若仍旧按照原来的州县设置显然不妥，还有一些地方原本是卫所，但是日渐兴盛之后形成大的城市，再由原来卫所进行管理已经不合适了，所以朱载坖命令内阁、户部、吏部、兵部等详细商量，对大明的行政区划进行调整。
最明显的就是天津三卫了，原本这里只是因为成祖靖难时驻跸过，将此地更名为天津，即天子之渡口之意。在三岔河口西南的小直沽一带，设卫筑城。但是现在天津已经成为北方雄镇，再仍旧由卫所管理显然不合适，所以朱载坖在和内阁等商议之后，决定设立天津府，下辖天津、盐山、青县、庆云、南皮和静海六县和一个直隶州沧州。朱载坖决心以此为契机，重新厘定大明的行政区划。
在中央官制方面，朱载坖主要做的是将原本的由朱载坖设立的临时官署完全正规化，确定品级，明确下属单位的权力范围，主要是历代先帝和朱载坖即位以来设立的各个衙门，属于吏部的有吏部流外铨选院，属于户部的最多，总督仓场、总督粮储、总理盐政、提督钞关、提督海关，属于礼部的理藩院，属于刑部的提督巡检司，朱载坖命令将这些衙门全部正规化，职掌写入会典，不再是朝廷的临时衙门，而是朝廷的正式官署。
除此之外朱载坖今年的一个大动作就是准备恢
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