院则负责审核户部和朝廷各部院的账目，同时对于地方账目有疑问的，都察院和其派出外差的巡按御史，也可以对这些州县的账目予以立即调阅审核，发现不对的，都察院予以立刻纠劾。
当然，新式的记账办法的推广不是那么简单的，朱载坖首先命令国子监算学科增加招收的生员人数，从一年招收四百人增加到八百人，现在国子监算学可是热门专业，算学毕业的生员，可以直接被授予流外一等吏员，只需要等待考满之后参加吏部组织的吏员考选就行了，而且有国子算学出身的吏员，很容易就通过考选，从流外经制吏专为流内官，而且一旦转为流内官，就可以调任户部、甚至都察院审计司这样的实权衙门，出路非常之好，所以报考人数非常之多。
除了增加国子算学的招生人员之外，朱载坖还要去鄢懋卿、王国光等人组织编写教材，教授朝廷内部的吏员学会新式记账法，全面推开新式记账法。
而借着这次大计，朱载坖也在进行官员们的调整，朱载坖首先调整的就是总督河漕衙门，现在高家堰筑成，剩下的就是继续加固地方，而朱载坖担心的黄河河南段频繁的出现各种水患，所以朱载坖将原本的总督河漕衙门分开，还是分为总督河道和总督漕运衙门。
潘季驯以工部尚书兼右都御史总督河道，驻节开封，负责黄河河南段的治理，朱衡以工部尚书总督漕运，驻节淮安，负责运河相关事务。
同时经由张居正的密疏推荐，任命原巡抚河南右副都御史郭朝宾为工部尚书，这位也是心学门徒，和徐阶、李春芳、赵贞吉都关系非常之紧密。除了这些事情之外，朱载坖还在思考内阁的权限问题。
现在的内阁是大小庶务，无所不管，权力是非常之大的，不管首辅是否兼领吏部，现在内阁已经是势压六部了，成为了六部的上级，朱载坖认为这无可厚非，内阁要负责协助皇帝处理政务，没有权力可不行，但是朱载坖对于内阁权力的过于宽泛，还是有些看法的。
朱载坖认为应该对于内阁的权限做一些限制，主要是有关军务的事情，朱载坖认为不应该由内阁决定，这是皇帝最重要的权力之一，绝对不能落于他人之手，同时朱载坖对于现在大明的指挥体系也是极
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