虽然苏松等府县小麦并不是主要的粮食作物，但是之前稻麦轮作在东南各府县都是非常普遍的。
王锡爵就在上疏中称：“臣乡种田，多在夏至后，秋尽而收，种麦多在立冬后，至夏至而收。中秋前下麦子于高地，获稻毕，移秧于田，使备秋气，虽遇霖雨妨场功，过小雪以种无伤也。”
稻麦轮作原本在东南的各府县是非常正常的事情，但是由于棉花播种面积的增加，稻麦轮作就不可避免的收到影响，因为小麦不可以和棉花轮作，麦棉轮作之所以较少，主要是种麦耗地力太大，影响棉花产量，松江府的奏疏中就说的很明确，松江府的奏疏中称：“凡田，来年拟种稻者，可种麦；拟棉者，勿种也。若人稠地狭，万不得已，可种大麦或稞麦，仍以粪壅力补之，决不可种小麦。”
在这种情况之下，棉花的播种面积上升不仅是压缩了水稻的产量，还会减少轮作小麦的面积的产量，据苏州等六府的统计，小麦轮作的面积比之国初减少了一百七十万亩。
根据东南州府的上疏，现在本地出产的粮食已经是远远不足以满足当地百姓的需求了，以嘉定县为例，由于土地不宜于种稻，唯种木棉，所以也只得以花织布，以布贸银，以银籴米，以米兑军，运他邑之粟充本县之粮，东南的州县官员和东南出身的官员们认为，造成东南粮食紧缺的原因是是朝廷在东南征收的漕粮等。
朱载坖就知道他们会拿此事来说事的，他们认为仅以苏、松等5府所征夏税秋粮米麦除存留供本地使用外，每年起运南、北二京及淮安、徐州诸仓本色粮共为382万石，以最低费用3石计，共需本色粮1528万余石。再加上存留粮约256万石，实际赋税支出高达1784万石。
在之前，由于苏松等府县主要是种植水稻等粮食作物，尚且能够支应，现在由于大量的种植棉花，苏松等地的粮食产量不足，前首辅徐阶、阁臣严讷也给朱载坖上密疏，陈述现在苏松等地的重赋情况，他们以华亭县一户自耕农为例说明苏松等地的重赋。
松江府华亭县的一户人家，有成熟田十四亩，山地十六亩余，算是个小地主，应纳本色平米十二石有奇，细布一匹有半，准平米二石五斗有奇。除正税一石六
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