随着衙门开印之后，朱载坖要商量怎么收拾孔尚贤了。
朱载坖在开印之后，第一时间召集了内阁辅臣和六部九卿，商量应该怎么处理孔尚贤。现在的问题是朝廷如果仅仅以孔尚贤上疏对他加以惩戒，显然没有达到朱载坖的效果，申斥什么的不是朱载坖想要的，但是要重处孔尚贤，还是要有一些说得过去的理由的。
高拱为此建议，调换曲阜县令，直接由朝廷派遣官员，担任曲阜县令。因为曲阜知县一向是有衍圣公直接从孔家族人中保举的，对于孔家来说，曲阜早就被他们视为孔家的领地，在大明搞出个国中之国来了。
朱载坖说道：“衍圣公比之黔国公何如？黔国公尚不能列土封疆，彼辈何能为也？”
朱载坖对于这种行为，显然是不能容忍的，吏部尚书杨博说道：“陛下，隆庆五年，御史赵可怀因曲阜知县孔承厚不职，建议令兖州府同知管理县务，知县只辖林庙，既而衍圣公孔尚贤因其妨已行事，复以冗员奏乞革，但为吏部所驳。”
朱载坖听罢之后说道：“孔尚贤以为自己是谁？普天之下莫非王土，朕看他是不知道自己有几斤几两了。”
朱载坖直接对诸位臣子们说道：“朕以为，曲阜世职知县乃国家世报先师之盛意迩，缘举用非人，宜尽行裁革之，由吏部拣选官员，赴曲阜任职。”
朱载坖准备将孔家世袭曲阜知县的特权给取消掉，之前是为彰显对孔子的尊崇和对孔子后裔的优待，朝廷特许，曲阜知县的选任不必遵循地域回避、亲族回避、职务回避的制度，准许孔氏宗族从自己宗族中选拔德才兼备之人当任曲阜知县。
现在看来，朝廷对于孔家的优待显然是过了头，搞得孔尚贤现在已经分不清大小王了，朱载坖说道：“吏部要选个强项令去，清丈曲阜的土地，朕倒是要看看，曲阜还有没有不是孔家的田地。当年圣人困于陈蔡之间，在陈绝粮，从者病，莫能兴。想不到千年之后，孔家所有之田亩，冠绝大明吧？”
高拱说道：“陛下，恐怕仅仅靠以强项令，是难以在曲阜站稳脚跟的。”
这点朱载坖也很清楚，毕竟孔家世代在曲阜，都已经不是用地头蛇来形容了，朝廷仅仅靠一个知县在当地可能毫无作用，所以朝廷这次不仅要
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