三位提督各自到任之后，根据兵部、吏部事先拟定好的名单，还有三位提督和总督的举荐，大明九边规模最大的军官调动拉开了帷幕。
首先当然是总兵大将的调动，原辽东总兵黑春，调任延绥总兵，原任山西镇总兵刘汉，调任辽东总兵。原任大同副将麻锦，升任蓟镇总兵，原任蓟镇副将时陈，升任大同镇总兵。
原任宣府总兵赵苛，调任固原镇总兵，原任固原镇总兵雷龙，调任山西镇总兵。原任宁夏镇总兵牛秉忠，调任宣府镇总兵。
原任山西副将杜桐，升任宁夏镇总兵。
这样一来，第一是完成了总兵级军官的轮换，同时理顺了指挥体系，原来提督还兼任一镇总兵，经过这次调整，提督不再兼任总兵，形成了提督-总兵-协守副将（分守参将）-游击-沿边堡垒的指挥体系。
接下来就是总兵以下将领的调动了，副将、参将、游击乃至于千户、守备的调动则与总兵们不同了，主要是一句个提督、总兵们的举荐，还有兵部、吏部的选拔。
其中比较重要的就是武进士们的安排了，本来武进士和进士们一样，分为三等，一般来说，一等授副千户，二等授百户，三等授试百户或者总旗。
但是朱载坖经过和戚继光等人的商量之后认为，武进士毕竟没有什么实战经验，授官太高并非好事，所以同意授官百户，只是武进士们在升迁上可以优先，同时去九边锻炼的武进士，三年之后都可以升副千户，算是对他们天子门生的优待。
这次朱载坖将之前的一科武进士全部向辽东、三边安排，也就是为了锻炼他们的能力，只有在实战中才能知晓他们的能力如何。
大批的军官们被调离自己世代镇守的地方，对于他们来说肯定是全新的考验，收到朝廷命令的军官们纷纷打点行装，赶赴指定的任所赴任。
调整了军官之后，就是核实军籍了，之前在嘉靖朝和隆庆元年，也进行过清军，但是时间已久，现在九边有多少人马确实是不太清楚，现在必须要清军，核实九边的士卒、战马、军器，登记造册。
军籍事关九边安定，更重要的是和朝廷的开支直接挂钩，对于大明来说，每年最大的开支就是九边军费，现在九边军费是不断上涨，从宣德、正统时的四十
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