级最高的太医院，太医院使不过五品，朱载坖认为伎术官不必再品级上规定的如此严格，只要他们在自己的官署中供职，不干预文官的行政权力就行了，同时伎术官的升赏除授仍然在吏部和吏科、都察院的管理之下。
朱载坖认为，将太医院提升为正三品的衙门，同时扩充太医院的权力，仿效宋代翰林医官院，掌管医之政令和医疗事务，负责对军旅、官衙、学校派出医官以及整理民间医药事宜，考选医学生等职务。
同时重新组建文思院，将所有的匠作衙门全部合并到文思院中，文思院使以工部右侍郎兼任，为正三品衙门，但是和唐代一样，伎术官不得迁出本衙，在文思院下设匠作、火器、甲胄、弓弩、船只、器械、冶炼等专门科目，负责技术革新和研制新的军器等物。
同时在国子监中重新设立算学，考选算学的教授和学子，算学的学员不属于伎术官之列，国子监结业之后先以吏员分配至户部、都察院、六科等衙门，同时相应的要建立审计制度。