维护的耗费庞大，即便使用大量人工助运，运河航运的效果仍然不尽人愿。加之维护漕闸、修筑堤坝等工程费用、以及各种与河事相关的机构巧立名目，层层盘剥，运送一石粮食的费用都远远高于漕粮的价值。
而且为了运送这些漕粮，所动用的船只和人员也是极为惊人的，用船一万一千七百七十五艘，合用官军十二万五百余人。自宪宗朝起，就不断有人重新提起海运，尤其是本朝，黄河的多次泛滥使得运河朝不保夕，海运的呼声也越来越大。
为此，自嘉靖十一年起，围绕着海运还是河运，朝廷官员爆发了激烈的争辩，有关海运风险高低、费用多寡、有无必要性。
但是实际上，影响海运还是河运的根本因素还是在朝廷，在政治方面。其中反对海运最坚决的就是河道官员，这些河道官员们往往为突显自己的功绩而致力于河运，而坚决反对海运。
他们认为：今之黄河固古之运道也。昔固北行而今始南迁也。民间舟楫往来如织，未尝一日废也。在古则宜，在今则否，在南则利，在北则否。在民则可，在公则否。在海则易，在河则难。吾亦不知其何说也，他们甚至将元朝灭亡的原因归咎于海运上。
在海运、河运争议过程中，这些河道官员希望通过治河来突出自己的权力，渴望在任上有所作为从而获得与成祖朝名臣宋礼一样的声荣。除此之外，他们也会考虑到“治黄”、与“治河”之间的密切关系，“治黄”在一定意义上等同于“治河”，“治河保运”是河道的官主要任务，行海运废河运就是对“治河保运”的根本否定。国家对黄河的治理关系到地方的安危，这些河道官员在突显自身权力和价值的同时，又要保证国家对黄河的关注，所以才会反对对河道进行彻底改变的海运议案。
更何况朝廷每年每次疏浚运河，耗费的白银以百万两计，其中不知道多少进了各级治河官员的腰包了，为了自己的口袋，他们也断然不能让海运替代河运。
其实，当中央利益与地方利益趋于一致的情况下，运道的变革甚至是海运均未遭受强大的阻力，但是，当中央利益与地方利益发生冲突时，地方群体就会对河道的变革、海运的实行通过各种手段加以阻挠，毕竟百
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