成的对于新疆的控制的，必须依靠军队，因为现在的新疆还不安稳，叶尔羌的残余势力仍旧对于大明构成了很大的威胁，同时哈萨克等的势力对于大明来说也是极为要命的，在这种情况之下，军屯是必须要的。
而且由于大明摧枯拉朽的消灭的叶尔羌，官军消灭的大量的本地的男丁，使得新疆的男女比例失衡，这个时候自然是要将官军的这些士卒们留在此地的，所以朱载坖与军机处、五军都督府等衙门商量，将征西大军留在新疆本地，编成卫所，镇守西域，同时鼓励这些士卒和西域的这些妇女通婚，加强文教，推广汉化，必须使用汉字、汉语，还要对于原本西域的回教势力，要痛加剿灭，彻底禁绝，军中决不允许有回教的存在。
由于新疆的特殊性，朱载坖命令新疆的屯田士卒，每军授田一百亩，要是土地多的，可以授田一百五十亩，同时将北方各省的徒刑以上罪犯全部遣戍新疆，增加新疆的人口。士卒屯垦的，十年起科，新开垦的土地，十五年起科，保证士卒的收益，对于鄯善等地的硝石等资源，也需要尽快的开发，然后解运到内地，缓解朝廷对于硝石的需求。
现在朝廷对于硝石确实是极为需要，除了在军事上的用途了，司农院也发现了硝石在农业上的作用，作为一种重要的肥料，硝石确实是有着极为重要的作用的，通过调节气孔开闭，减少水分蒸发，帮助作物抵御干旱、盐碱等逆境环境。例如，在干旱地区种植玉米时，施用硝酸钾的植株叶片保水能力更强，枯萎率较未施肥田块降低五分之一以上。
但是由于硝石在大明是禁榷物资，优先保证军用，能够给农业上用的是微乎其微了，新疆的硝石矿对于大明来说是极为重要的。
而在和军机大臣们商量完了之后，朱载坖回到无逸殿之后，就是按照翰林医官们的建议打五禽戏，按时服用汤药，在上次病愈之后，翰林医官们为朱载坖指定很严格的标准，每日处理政务的时间都是有严格的规定的，同时食谱也都在翰林医官们的控制之下，每日也要打五禽戏，以活动筋骨，这样朱载坖的身体才逐渐好了。
有时候朱载坖晚上也会批阅一些奏疏，但是都要严格控制时间，因为现在主要的政务都是太子在处理了，朱
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