在西域的战事再次拉开之际，大明朝廷，尤其是军机处也在积极的谋划着西域的战事，上次朱载坖对于参谋军务总署包括军机处的各总署都进行了批评，认为他们没有履行好朝廷所赋予的职责，在朱载坖的严厉督促之下，俞咨皋和李如松督促军机处和参谋军务总署重新进行战略、战役的筹划，向朱载坖对于西域战局的谋划。
对于军机处新拿出来的战略战役筹划，朱载坖认为勉强有那么个意思了，首先就是规定了官军的控制范围，北到阿尔泰山、额尔齐斯河，西到巴尔喀什湖，控制这个范围的领土，是官军主要的作战目的，同时就是官军各个战役集团的编设。
参谋军务总署重新规划之后向朱载坖上疏，鉴于西域地域广大，同时地形复杂多变，所以将西域分为南北两路，以天山为界，北路有襄国公、征西大将军李成梁统帅，主要负责的是对于卫拉特四部的打击经略，南路以镇西大将军戚金为统帅，主要负责攻灭叶尔羌汗国，同时在西域南部建立起大明的统治，而针对广大的西域，朝廷要组建四个战役兵团，作为官军在西域征战的主力。
首先就是北路战役兵团，由李成梁指挥，主要是官军的骑兵主力，其战略和战役目的是威慑卫拉特部，控制西域北路，同时从天山以北对叶尔羌等西域南路的势力施加战略压力。
其次是西域中路战役兵团，是朝廷在西域部署的战略机动力量和战略预备队，主要部署在轮台、交河等地，由朝廷在轮台、交河等地的卫所和镇协官军所组成，直接受西域总督指挥，负责守卫从内地到西域的道路，还有沟通天山南北的道路等。
而在西域南路，朝廷要配置两个战役兵团，由戚金和董一元指挥，南路的两个兵团，第一个是由董一元所指挥的南路偏师，该兵团的主要任务就是控制西域南路的库车、和田、巴音郭楞等地，同时为朝廷日后经略乌斯藏做准备，第二个就是由戚金所指挥的西域南路主力兵团，主要是为了彻底消灭叶尔羌汗国，同时控制巴尔喀什湖以东、以南的领土，重点控制喀什、阿克苏以及更远的阿拉木图等地，是大明部署在西域边疆的一支战役级别的兵团。
四个兵团各司其职，各有任务，同时也互相配合，按照参谋军务
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