朱载坖是很清楚的，要控制住闽粤的地方官府，首先就是控制住官军，闽粤的地方宗族势力确实很强大，但是绝对没有强大到可以对抗朝廷官府这个地步，这点朱载坖还是很清楚，同时对于闽粤两省，朱载坖认为还是有有所区别的对待。
闽粤两省的宗族势力确实是十分之庞大的，但是这两省在具体的表现上是有所不同的，福建的宗族更多的表现为所谓的科举家族，这些科举家族的势力在闽省是极为强大的，科举家族所掌握的资源如同一把双刃剑，用以谋公，则有利于地方社会秩序的构建与运作；用以谋私，则必然在不同程度上对地方社会秩序产生消极的影响。尤其是在开海之后，经济发展，与社会财富的增加，官民竞相逐利，僭越、奢靡之风盛行。
这些科举家族利用自己所掌握的政治权力、社会地位等官宦之家为害乡里、鱼肉百姓的问题十分严重，之前林庭机就曾经上疏朝廷，陈述福建这些累世簪缨的仕宦家族欺压良善的行为，在奏疏中，林庭机曾经说过：“吾侪登一第，乡之人为吾侪望慕赞叹，及其既也，无以厌，厥心乃苦，若增一盗籍而幸其早于鬼隶。士大夫家之鱼肉小民，为害于闾里，以为甚于盗贼。余谓今士子初登第，其家即舆马喧阗，笙歌鼎沸，通宵燕会，贺客盈门，父兄子弟鲜衣美食，僮仆饫酒肉，扬扬得意，如此而不贪饕于官，为??于乡，安可得也？”
所以对于福建来说，重点要打击的就是这些所谓的科举世家，主要是要断绝他们对于科举的垄断，这点是最重的，朱载坖在和学部尚书蔡国熙研究之后，对于福建的这些科举家族，他们之所以能够长期霸榜科举，最主要的手段就是一经传家，也就是一家只治一经，专门应付科举。
不得不说，这种手段确实是很有效的，以专治诗经的黄家为例，黄寿生，字行中，建文元年以《诗》中福建乡试中式第20名，求归养年迈的母亲，亲终后贡入太学，永乐六年应天乡试高中解元，永乐九年考中进士。黄寿生子孙皆承其家学，以治《诗》传家，水平相当高，共出了三位解元：黄寿生（永乐六年应天解元）、黄乾亨（寿生曾孙，成化十年福建解元）、黄如金（乾亨子，弘治十八年福建解元），一
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