权力过于膨胀。
同时将诏狱的办理权依照祖制归北镇抚司，锦衣亲军现在的主要职能就是侦缉和诏狱，但是诏狱的职能仅在北镇抚司，而非其他的各卫，这是极为重要的，朱载坖还为此事特地下旨：“一应大小狱情,俱要严密关防,不许透漏及受人嘱托,本都司堂上官亦不许干预,有故违者,指实奏闻,治以重罪。”
有关诏狱之事，专掌北镇抚司都指挥佥事或者同知直接对皇帝负责，一应诏狱审断结果直接向皇帝奏报，而锦衣亲军都指挥使司及都指挥使则负责侦缉事务，主要是针对间谍、叛逆等重案予以侦缉，直接行使逮捕等权利，不受地方检事御史或者大理分司等司法机构的干预。
而宪兵都指挥使司则是负责军内案件的侦缉和军法纠劾，也就是说宪兵都指挥使司是可以对锦衣亲军予以侦查，同时负责对于军内贪墨等不法事的侦查，一经查实之后将人犯送卫尉寺审断。之前由于宪兵都司和锦衣亲军的渊源，往往在很多事情上宪兵都司无法有效开展工作，但是现在朱载坖下旨保障宪兵都司独立行使侦查权，尤其是在军内干犯军法案件，一应由宪兵都司予以调查。
而朱载坖现在最关心的就是核实军籍、军屯等事项了，宪兵都司和锦衣亲军的配置不同，锦衣亲军仅设立五卫，在各省直一般是以千户所的形式存在，因为锦衣亲军主要办理的案件都是逆案等案件，而且锦衣亲军除了公开办案的校尉、缇骑之外，还有大量的暗探存在，他们是不会在公开自己的身份的，同时这些暗探也一般直接由锦衣亲军都指挥使司管理。
而宪兵都司管理和侦缉的对象主要是官军，所以其配置要根据官军的布防而进行配置，在沿边重镇，直接设立宪兵卫所，负责对当地的官军进行纠劾，而在腹里驻军较少的省直，则是配置一个千户所即可，和锦衣亲军基本不承担军事任务不同，宪兵都司仍旧要承担军事任务，所以员额更大，所装备的军器也更加接近官军，还拥有直属骑兵等。
朱载坖在隆庆二十七年以开年就大规模推动改革，这是很多官员没有想到的，因为之前朱载坖已经在西苑静摄许久了，一应政务都是太子在处理，这次朱载坖亲自出马，部署一系列的改革措施，使得朝廷
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