吉斯汗国，由于汗国大部制度和成吉思汗时代无异，只是信奉伊斯兰教。汗国的官员分为军事官员、宫廷官员、中央官员、宗教人士官员。汗由库里尔台推举。法官由宗教官员与世俗官员出任。由案情决定，官教案件由哈的负责，习惯法由伯克负责。
叶尔羌汗国内部各派宗教势力的斗争也是非常之激烈的，在正德年间，中亚撒马尔罕纳格什班迪耶教团谢赫麦赫杜姆·阿扎姆走访叶尔羌，其后，他的儿子伊斯哈格·吾里和长子穆罕默德·伊敏（依禅卡朗）之子穆罕默德·优素福等先后到西域传教，逐渐形成以叶尔羌为中心的伊斯哈格系和以喀什噶尔为中心的伊禅卡朗系，并演化为黑山派、白山派之争。这时期重要的苏菲主义团体除乌瓦伊西耶外，还有伊萨克耶、依乃克耶、米斯克耶和达瓦尼耶，均属纳格什班迪耶教团在西域的分支。
除了这两派之外，还有大量的其他教派在叶尔羌汗国内部传播，总之整个叶尔羌汗国以回教为国教，同时侵略性很强，在赛依德汗统治时，曾以“圣战”的名义对周邻非穆斯林的民族发动了多次战争，甚至染指乌斯藏，但是被击退，所以对于西域南部，朱载坖认为消灭叶尔羌汗国是一个并不困难的事情，重要的是怎么建立起朝廷在当地的统治，这点是非常之重要的。
其实朱载坖很清楚，关键问题就是对于回教的处理，这事朱载坖没有立即召集阁部重臣，甚至是召开国务会议，而是和皇太子、太孙三人商量此事，朱载坖将吴兑和锦衣亲军的奏报给他们两人看，朱载坖问道：“这西域回教，你们认为应该怎么处理？”
太子首先是想到了太祖开国时的诏书：“如蒙古、色目，虽非华夏族类，然同生天地之间，有能知礼义，愿为臣民者，与中夏之人抚养无异。”所以太子的看法是对于回教剿抚并用，基本延续太祖时的做法。
太祖在建国初年也面临回教问题，因为蒙古将他们的色目人带到了中原，同时来的就是西域的回教势力，当时的回教势力还是很强的，而且有相当一部分色目人对蒙元比较忠诚，所以对于这些回教势力，太祖皇帝先以优容，加以安抚，然后在予以逐步消灭。
为了安抚国初的回教，太祖皇帝御笔亲书赞扬回教称
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