朱载坖自然是仔细和皇太孙讲解这些关窍，对于朱载坖来说，在将内阁予以制度化的过程当中，朱载坖剥离了两个对于内阁来说极为重要的权力，第一自然是军事权力，对于朱载坖来说，通过设立军机处，将内阁的军事权力予以削夺，由皇帝直接掌握，军机处的臣子都是皇帝所信任的知兵大臣、经验丰富，值得信任的老将和经过历练的勋臣武将，他们和内阁没有任何联系，直接受皇帝的指示，通过军机处，彻底将行政权力和军事权力分开。
使得内阁不能再通过掌握兵部进而控制官军，没有了军事权力的内阁，就只能够依靠皇帝来弹压部院了，这一点主要是为了使得内阁不再对皇帝构成威胁，因为从之前的经验来看，自宣宗之后，大明皇帝对于官军的控制就日渐力不从心了，土木之变使得勋臣武将断档，在朝廷中枢，兵部则侵夺五军都督府的权力，京营日渐羸弱，禁兵的战斗力也逐渐下降，甚至厂卫也被渗透。
在地方上，督抚凌驾于总兵、都司之上，驭使武将如牛马，之所以皇帝还是能够稳住局面，主要是两个问题他们无法解决，第一就是京营虽然羸弱，但是勋臣们一直死死的捍卫着自己最后的一块地盘，即便是有协理京营戎政等官，但是勋臣们可以通过他们庞大的世袭武官团体和家兵家将死死的控制住京营，使得京营一直能够保持稳定，因为勋臣们很清楚，京营是他们的权力基础，要是连京营的控制权都交出去了的话，勋臣就会被彻底清理出政治舞台了。
另外一个重要的原因就是庞大的卫所和世袭武官团体的制约，卫所在大明是一个不能被忽视的群体，卫所不仅仅是军事机关，还有重要的行政职能，对于大明来说，卫所是一个极为重要的群体，第一自然是数量庞大的卫所军官，虽然兵部等衙门可以控制都司、总兵等高级将领的选拔任用，但是对于指挥使以下的军官，即便是兵部的力量再强大，也是无法控制的。
因为这些军官都是世袭的军官，他们世代在本卫经营，对于卫所的控制是很强的，这些卫所士卒虽然战斗力不强，但是他们遍布大明各地，尤其是两京和南北直隶，卫所的密度是很大的，这些卫所军官对于朝臣们想要插手军队构成了很大的阻
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