在朱载坖命令之下，朝廷各部都开始运转起来了，在朱载坖的命令之下，大量的官军和粮秣开始的调动起来，同时李如松奉调北上，在路上李如松向朱载坖上疏，请求出征女真，同时陈述了自己的方略，李如松认为，揍个努尔哈赤哪需要这么麻烦，拣选五千精骑，他李如松亲自带兵，直接横扫女真，朱载坖对于李如松的奏疏没有作出回应，而是要他立即到任参谋军务总署。
而安东都护府也向朝廷奏报，一些仍旧忠于倭王的大名公推毛利家起兵反叛，现在安东都护府已经调集官军和忠于大明的土司们发兵讨伐毛利隆景，方逢时和刘綎向朝廷奏报，起兵反抗大明的倭国大名的人数大约在五六万之数，虽然从总兵力上来说，远远不是安东都护府的对手，但是这些人比较聚集起来还是数量不少的，在这种情况之下，朝廷的精力显然是被西北、东北两场战事所吸引了，对于倭国，朱载坖的态度就是严加诛戮，既然敢于挑衅大明就必须承担相应的代价，这点是不容多说的。
朱载坖命令安东都护方逢时和提督军务刘綎，对于毛利隆景严加诛戮，同时将石见银山直接收归朝廷所有，拓张大明在倭奴都统使司的势力，而对于朝廷内部的一些反对声浪，朱载坖现在必须要予以处理了，现在朝廷上下对于此事的讨论是极为热烈的，官员们纷纷上疏阐述自己的意见。
对于现在的情况，很多官员们表示担忧，大明同时在西北、东北、倭奴、安南都有战事，这是从来没有过的事情，很多官员们认为国虽大，好战必亡，从朱载坖即位以来，用兵不断，虽然大多数以官军取得胜利而告终，但是实际上也对大明的国力始终是一种损耗，他们以汉武帝作为例子，想要警示朱载坖。
他们援引历代史家的话对于朱载坖加以劝谏：“武帝虽有攘四夷广土斥境之功，然多杀士众，竭民财力，奢泰亡度，天下虚耗，百姓流离，物故者半。蝗虫大起，赤地数千里，或人民相食，畜积至今未复。亡德泽于民，不宜为立庙乐。昔秦皇、汉武，外则穷极兵戈，内则崇侈宫室，人力既竭，祸难遂兴，彼岂不欲安人乎？失所以安人之道也。”
甚至用唐太宗的话对朱载坖加以劝谏，当年唐太宗评价汉武帝说道：
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