财政压力将会越发的增加，而边镇则会形成尾大不掉之势，这对于大明的长治久安绝非好事，所以朱载坖这次的改革，最大的着眼点就是要消弭尾大不掉之势，加强朝廷的权威，以京营威慑天下。
同时减少九边驻军，精实军额，节省军费，对于王守仁等人之前所倡导的募兵，朱载坖也予以了批评，王守仁等人认为：“况今官军之出，战则退后，功则争先，亦非边将之所喜。彼之请兵，徒以事之不济，则责有所分焉耳。今诚于边塞之卒，以其所以养京军者而养之，以其所以赏京军者而赏之，旬日之间，数万之众可立募于帐下，奚必自京而出哉？”
朱载坖认为京营集天下精兵，就是要起到震慑天下的作用，京营不能承担起战略预备的职能，就会导致九边军镇的膨胀，这对于朝廷是有百害而无一利的，除了充实京营之外，还有一个重要事情就是将募兵的权力收归朝廷，在之前的募兵，尽管也需要朝廷的批准，但是往往都是地方官府和当地军镇进行募兵，这就造成其中弊端百出，既不能够保证朝廷兵员的质量，也不能够保证数量，在募兵的过程中各种各样的舞弊手段频出。
同时募兵的大权在地方和各镇手中，实际上就使得所谓将不专兵成为一纸虚言了，因为这些士卒由将帅们招募、也由他们训练，和各级将领之间关系紧密，势必在军中形成团体，假以时日就是藩镇，这点朱载坖是很清楚的，之前朱载坖为什么要坚决废止家丁制度，就是防范藩镇的可能，官军必须由朝廷统一调度，这点是毋庸置疑的。
朱载坖不仅仅以军机处统一军令，同时兵部也要发挥军政机关的职能，以保证朝廷对于官军的控制，朱载坖不是要像两宋那样搞守内虚外，官军必须要维持战斗力，所以朱载坖一方面是重将权，另一方面是通过制度的形式来防止藩镇的可能，朱载坖将募兵的职能由地方上收到朝廷中来。
首先就是募兵数额的确定，这是军机处的职能，军机处下设的参谋军务总署负责按照实际情况规划官军驻守各地的员额总署，而清军督练总署负责核实军籍，确定每年要裁汰退役的士卒人数，确定每年需要征募的士卒总数，确定好需要补充的士卒总数之后，上奏军机处，经军机大
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