公卿阶层抹去，这样的对于朝廷在倭国建立起统治更加有利，之前方逢时就已经征调安东诸卫的卫所士卒加上原本驻京都的官军，已经有一万五千余人，方逢时命令封闭京都各门，同时分工明确，刘綎指挥官军负责杀人，朱应桢指挥锦衣亲军负责抄家，各司其职，然后加以分配。
而在倭王被带到大明安东都护府之后，京都城内的倭国公卿们也感觉到有些不妙了，他们纷纷聚集自己所豢养的家兵、浪人等，同时关白九条兼孝亲自求见方逢时，想要询问倭王的下落问题，在刘綎的指挥下，官军封闭京都各门，开始清除这些公卿们，这些公卿们自然不可能坐以待毙，举兵反抗，方逢时以倭人反叛为由，在京都大肆搜杀公卿，同时将倭王一系的男丁全部拘捕，准备解送京师。
京都的这些公卿们虽然豢养了一些家兵浪人，但是这些人的战斗力是远不如官军的士卒们的，刘綎用了一整天将京都城内的公卿杀戮殆尽，而朱应桢则是指挥锦衣亲军抄家等，除了部分财物要解运内承运库之外，剩余的财物都要赏赐给官军士卒们，同时方逢时还向倭国的这些大名们发布了大明的上谕，改倭国伪倭奴都统使司，但是都统使的任命还尚未确定，按照道理来说，如果大明不想废了倭王，应该在上谕中明确说明的，但是在朱载坖的上谕中只有历数倭王的罪过，对其除国夺封的处分和槛送京师的处理，对于倭奴都统使由谁担任却只字不提。
这些倭国的地方豪强们很清楚，大明肯定是希望扶持一个对大明恭顺的傀儡，倭王为何被废？就是因为他对大明不恭顺，尽管大明屠戮公卿一事让很多地方大名无法接受，因为有一些地方的大名本身就是这些倭国公卿的分家，不过大部分的大名对于这些公卿并没有什么太大的感觉。
因为大部分的大名都是所谓的武家出身，平安时代中期倭国的贵族社会，使特定的官职及职能固定化，形成了“继承家业”的发展，以武艺为才能的下级贵族“兵家”渐由专门于军事的贵族形成，当中由军事贵族成立时期武士而形成。这些家族所指的“武家”是由“武勇之家”“武门”而来的世族。这个称呼亦包括了有武力、武勇及以仕奉辅廷的家系。后来源赖朝在关东
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