朱载坖随后在武英殿召见了在京的军机大臣们，对于此事，朱载坖是极为愤怒的，他将方逢时和刘綎的奏疏给军籍大臣们的传阅，其实方逢时也在事情发生之后紧急调查了事情的情况，其实事情的原因并不复杂，朱应桢奉诏抵达倭国之后，就向倭王传达了朝廷的命令，同时开始调查倭国内部的情况。
在朱应桢和他麾下的锦衣校尉们在调查之后发现，这些倭国内部反抗大明的势力，是和倭国朝廷有很深的关系，所以朱应桢准备寻求安东都护府的帮助，而就在方逢时准备调集兵马的时候，一伙浪人袭击了朱应桢的住所，幸得随行的锦衣校尉0拼死保护，才逃得一死。
现在情况已经是非常之明白了，袭击朱应桢肯定是和倭国朝廷内部对大明不满的人脱不了干系，这点是很清楚明白的，现在大明必须要处理此事，朱载坖之前已经命令军机处调发援军，驰援安东都护府了，倭国现在是大明重要的原料来源，倭国所出产的金银、铜料、硫磺等物对于大明来说还是极为重要的，在这种情况之下，朝廷对于倭国自然是十分重视的。
朱载坖召集军机大臣们，主要就是商量应该怎么处理现在的情况，袭杀朝廷钦差、大明国公和天子亲兵，随便哪一条都是弥天大罪，这点不管是朱载坖还是军机大臣们都是很清楚的，如果大明不对这种情况严加打击的话，天子的威严何在？大明的国威何在？
所以军机大臣的门意见都是严办此案，必须将幕后主使揪出，抄家灭族，这点朱载坖是赞成的，如果这样性质恶劣的事情大明朝廷都无动于衷的话，那倭国恐怕就翻天了，这点朱载坖还是很清楚的，但是对于具体应该怎么处置此事，军机大臣们的看法是不相同的。
徐渭、俞咨皋等人的建议是大动干戈，派遣重兵到倭国弹压，对于倭国朝廷和所谓的公卿进行毁灭性的打击，徐渭甚至还提出建议，干脆借此机会将倭国加以郡县算了，对于徐渭等人的这个想法，朱载坖不置可否，郡县倭国，看起来是开疆拓土，但是会冲击大明的宗藩体制，这其中的利弊是需要仔细权衡的。
而申时行等人就相对保守的多了，申时行他们对于郡县倭国持反对意见，认为现在时机还不成熟，但是应该仅此机会尽可
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