朱载坖认为，保留南京各部院是必要，由于大明地域广大，朝廷设立在南京的各部院，不仅仅是朝廷的一个备份，同时也是朝廷的一个重要的派出的机构，能够及时的处理南方的一些事务，从这点来说，南京各部院还是有继续存在的必要性的，这点朱载坖也并不否认。
但是重要的是要厘清京师的南京各部院的关系，京师是朝廷，而南京更多的是朝廷派出机构，要服从于朝廷，这点是最重要的，否则的话，互相龃龉，国事日非，这是朱载坖所不愿意看到的，在和阁部重臣商量了之后，在这次大计之后，除了一些关键的部院，南京各部院的堂官都将予以财革，不再设立，取而代之的事以侍郎署部事，这样的话，南京各部院在品级上就无法再与京师各部院向抗衡了。
南京六部当中，仅保留南京兵部尚书兼参赞机务，作为负责南方以及留都兵防、邮驿等大员，而其余各部则都是以左侍郎署部事，同时在业务上也要接受京师六部的管理，以户部为例，原本归属于南京户部掌握的各仓库等，也都要登记造册，由户部统一调度，以保证朝廷财权的统一，其余各部也都是，这点是这次对于南京六部调整的主要方向。
在调整之后，南京各部院一样要按照朝廷的指示办事，同时还要增设一些衙门，如税务、巡检等分司，也要配置在南京，作为朝廷控制南方的一个重要节点，南京更多的是朝廷在南方的统治中心和行政中心，负责通过两京直道转运各种物资、文书，进行上传下达等。
同时为了加强对于一些重点地方的控制，朱载坖决定实施直隶州府制度，之前大明有南北直隶，也有直隶州，所谓直隶州，直隶州相当于省辖市，与府平级，直隶等级的州为统治人口多，事务杂繁者。就编制上，直隶州与府的等级相同，辖下知州，州同，州判等官员都与府品等编制相同。如南直隶的通州，就是很典型的直隶州。
按照大明会典的规定：“知州一人，从五品，同知，从六品，判官无定员，从七品。里不及三十而无属县，裁同知、判官。有属县，裁同知。其属，吏目一人，从九品。所辖别见。知州掌一州之政。凡州二:有属州，有直隶州。属州视县，直隶州视府，而品秩则同。同知
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