当然，朱载坖对于比较恭顺的土默特部，也是一向厚待，不过该防范的，朱载坖也从来没有放松，虽然大明和土默特部已经达成了封贡，土默特部也一向恭顺，但是在边防的问题上，朱载坖一向是料敌从宽的，虽然朱载坖减少了九边的总员额，将九边的总员额从六十八万降低到了四十二万，但是九边各镇的实际兵员和战斗力确实有了提升，官军留下的都是精锐，同时九边各镇的官军也增加骑兵的比例，目的就是为了提升官军的机动力，在减少员额的情况下保证大明边疆的稳固。
同时加强内外边的建设，在朱载坖的支持下，兵部在之前所拟定的九边防御支撑点上大兴土木，修筑永备工事和规模庞大的防御设施，这些地方都是大明国防的要点，是千万不能有闪失的，所以这些防御支撑点的规模是极大的，不仅要坚固，而且要能够囤积重兵和相应的粮秣、弹药等物资，能够长期坚守，同时作为官军北伐的攻击出发阵地，同时掩护官军的二线部队，为官军的二线部队争取时间。
同时对于大明原本的边墙，也要重新予以翻修，以保障内边的安全，继续巩固大明的北部边疆，而这次朝廷征讨瓦剌，收复西域，土默特部也算是出了大力的，顺义王和三娘子不仅将当年跟随俺答汗征讨瓦剌的老兵挑选了一些送到大明军中，同时还表示愿意出兵一万骑，协助官军征讨瓦剌，这些蒙古骑兵的适应能力还是很强的，所以朱载坖也同意的顺义王的请求，赏赐顺义王绢帛、药材、茶叶等物品。
现在一应庶务都是太子在处理，朱载坖关心的就是西北的战事和调停西洋三国的事情，李成梁已经在准备动手了，现在瓦剌各部的实力也有所增强，所以鹿死谁手还尚未可知，其实瓦剌也很清楚大明对于他们的看法，所以今年以来他们也加大了对于哈密的袭扰，希望可以通过破坏大明屯田的方式来延迟朝廷收复西域的步伐。不过都被李成梁等打了回去。
现在各部援军也已经出发，准备驰援哈密卫，接下来的战事就看李成梁如何指挥了。而朱载坖现在不用负责庶务之后，空闲时间增加了之后，除了教导皇长孙之外，更加重要的就是和朱载堉等人商量学术机构的问题了，自从朱载坖提出这个想
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