对于李成梁的能力，朱载坖还是信任的，作为大明现在擅用骑兵的名将，朱载坖对于李成梁还是比较信任的，不过朱载坖还是给李成梁搭配了副将，朱载坖任命了原山西镇总兵麻贵为征西副将军，协助李成梁征讨西域，麻贵的麻家也是累世将门，其父麻禄就以武功成名，在嘉靖朝也是屡立战功，再加上麻家久在西北，对于当地的情况更加熟悉，所以朱载坖任命了麻贵为副将，也是锻炼麻贵的能力，培养大明的下一代将领们，朱载坖才从国子武学中挑选骑兵科的学员，到前线观摩。
李成梁在奏疏中也详细向朱载坖的陈述了自己的方略，西域虽然广大，但是适合放牧的草场却不多，主要就是分布在天山的山间谷地、乌伦古河河谷、额尔齐斯河谷、准噶尔盆地和准噶尔盆地西部山区的山间谷地。还有就是沿河的绿洲，其中最大的一片草场也就是伊犁附近的河谷等处了，李成梁认为克服西域的重点就是要将这些能够放牧的地方予以控制，重点就是控制这些有水源的地方，官军的作战要点也是先控制这些水源点，才能够筑城戍卫，保证朝廷对于西域的控制。
李成梁认为对于西域，主要是要控制重要的河流和山脉，才能够起到真正控制西域的作用，这点朱载坖还是很清楚的，朱载坖放手让李成梁组织战役的实施，朱载坖主要负责保障官军的后勤，转运粮秣弹药等物资。
朱载坖在西苑中处理各种政务，而在太子的主持下，朝廷按照已经公布的工商赋税则例开始实施工商赋税的征收，之前税务总署就已经在对于各种内设机构和相关的衙门进行调整，同时和地方官府一道确定征收赋税的办法，尽管税务总署将大量的课税司局等从地方接管而来，同时在各布政使司都设立了税务总署分司以负责本省税务的税务分司。
但是在实际的执行过程当中，赋税的征收是一件非常琐碎的事情，除了这些官员之外，还需要大量的专门人才，同时要从这些富商大贾的身上征收赋税，并不是一件容易的事情，这点朱载坖之前就已经想到了，但是在实际的执行过程中，仍旧出现了各种的舞弊现象，富商大贾们凭借自己在当地的关系，逃避赋税，但是税务分司本身并没有什么武装力量，对付这
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