因为之前在朝廷所制定的工商赋税草案中，将各种的契税统一规定为印花税，印花税是对在经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证的行为征收的一种税。其因采用在应税凭证上粘贴印花税票作为完税的标志而得名。商人们认为，朝廷也太锱铢必较了，连商人之间订立合约这样的事情也要征税，未免征收的过于宽泛和细微了一些。
对于印花税，朝廷上下也确实是有很多的非议，也有不少官员认为印花税可能收到的钱并不多，但是却很影响朝廷的形象，对于这点，朱翊釴也向朱载坖做了奏报，不过朱载坖对于此事却并没有予以答应，朱载坖认为，印花税是绝对要征收的，首先，这不是一笔小钱，不要看着印花税的税率不高，但是实际上，由于各种经济活动的频繁，印花税的征收次数是非常之多的，积少成多，这笔赋税也是很可观的。
其次就是印花税不仅仅是一笔税款，也是朝廷了解经济运行的一个途径，通过印花税的征收和统计，朝廷得以了解各种经济活动的情况。
最重要的是这也是朝廷和这些商人的契约，商人之间签订各种合约，各种资产的转让，都需要到朝廷来备案，并且缴纳印花税，而通过印花税的缴纳，使得朝廷对于这些契约和资产的转让的合法性予以保护，无论是各级的地方官府还是法司衙门，都要保护这些合法的契约，缴税自然是应当的，否则朝廷为什么要保护这些商人的利益？
不缴印花税，是准备白嫖朱载坖吗？所以印花税必须要征收，虽然印花税的税率不高，在整个大明的赋税中所占的比例也不大，但是通过印花税，可以了解大明经济运行的相关情况，同时带动其他赋税的征收，所以印花税是极为重要的，坚决不能放弃。
在朱载坖的坚持之下，朝廷对于这份工商赋税草案和相关的赋税管理制度进行了一些调整之后，经过廷议予以通过，朱载坖也随即签发上谕，昭告天下，自隆庆二十四年起予以实施，同时将征税的权力上收到朝廷，任何新赋税的设立和征收，都必须经过朝廷的同意才行，地方各级官府都无权新增赋税，凡是在朝廷所规定的赋税种类、名目、税率之外的，都可以立即向巡按御史或者提刑按察使司、督抚
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